医療機関は、患者負担分を除いた医療費を審査支払機関（社会保険診療報酬支払基金など）を通じて健保組合に請求します。健保組合では、請求書をチェックし、間違いがなければ審査支払機関を通じて、保険料の中から医療費を医療機関に支払います。

窓口負担額の残りの医療費も、最終的にはみなさん自身の保険料から支払われるわけです。